L'accord de coopération prévoit la création d'une Assemblée des Instances Bassins EFE chargée de coordonner le fonctionnement des 10 Instances Bassins. A ce titre, elle doit assurer l'échange de bonnes pratiques ainsi que la recherche de cohérence et de transversalité dans la mise en oeuvre des missions des Instances. Elle peut également inviter différentes instances à travailler conjointement dans une zone interbassin de concertation et de coordination. L'Assemblée a enfin la possibilité d'interpeler les Gouvernements et Collège sur toute question relative au fonctionnement et aux missions des Instances.
L'Assemblée est organisée conjointement par le CESW et le CESRBC.
Elle est composée de 4 représentants des interlocuteurs sociaux (2 Wallons et 2 Bruxellois) qui en assurent la présidence, des 10 Présidents des Instances et d'un représentant des Ministres en charge de l'enseignement secondaire, de l'enseignement de promotion sociale, de la formation professionnelle et de l'emploi.
En juin 2015, Monsieur Bruno Antoine a été désigné Président de l'Assemblée des Instances Bassins pour une période d'un an.
Dans le cadre de cette Assemblée, trois thématiques transversales d'action à travailler conjointement par l'ensemble des Instances Bassins ont été identifiées. Il s'agit de :